В 1938 году церковь была закрыта и использовалась под складские помещения.
Здесь же работала дирекция Музея истории религии и атеизма.
Пожар 1984 г. уничтожил всю сохранившуюся внутреннюю отделку.
В 1992 г. храм передали римско-католическому религиозному объединению.
Восстановительные работы велись при участии польских реставраторов.
В 2013 году церкви был дарован статус малой базилики.
Она стала единственной базиликой в России.